Музей расположен в старинном особняке, который является памятником архитектуры и градостроительства начала XX века. Старшему поколению уфимцев этот дом известен как «штаб Чапаевской дивизии», а его официальное название – особняк Елены Александровны Поносовой-Молло. Сегодня здесь представлены научные фонды Института этнологических исследований имени Р.Г. Кузеева, Уфимского федерального исследовательского центра Российской Академии наук. Музей археологии и этнографии состоит из четырех экспозиционных залов: «Археология Южного Урала», «Мир башкирской культуры», «Народы Башкортостана», «Золото сарматов». Наиболее яркими экспонатами являются коллекции Филипповских курганов (сарматского золота), башкирских женских нагрудных украшений, тюркских, финно-угорских и славянских комплексов женской одежды и предметов быта, интерьера традиционного башкирского жилища, скелет Хазарского мамонта и один из крупнейших в России метеоритов «Стерлитамак». Музей археологии и этнографии – одно из крупнейших хранилищ археологических и этнографических коллекций, один из значимых академических музеев страны.